สำนักงานพระพุทธศาสนาจังหวัดปัตตานี หน่วยงานราชการภูมิภาค สังกัดสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ไม่สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี กระทรวง กรม ขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรี มีภารกิจในการดำเนินงานสนองงานคณะสงฆ์และรัฐ  ทำนุบำรุงให้การอุปถัมภ์คุ้มครอง  ส่งเสริมงานพระพุทธศาสนา  ดูแล  รักษา จัดการศาสนสมบัติและการศึกษาของสงฆ์  พัฒนาพุทธมณฑลให้เป็นศูนย์กลางพุทธศาสนาของโลก รวมทั้งให้การสนับสนุนส่งเสริมพัฒนาบุคลากรด้านการเผยแผ่ศาสนธรรม   เพื่อสร้างศาสนทายาทที่มีความรู้คู่คุณธรรม